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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
18/12/2012 |
Data da última atualização: |
26/03/2013 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
BINNECK, E.; NASCIMENTO, L. S. do. |
Afiliação: |
ELISEU BINNECK, CNPSO; LUCAS SOARES DO NASCIMENTO. |
Título: |
A web-based platform for RNA-Seq data analysis and storage: a case study on soybean gene expression experiments. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CROP SCIENCE CONGRESS, 6., 2012, Bento Gonçalves. [Proceedings...]. [S.l.]: International Crop Science Society, 2012. 1 CD-ROM. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The availability of the soybean genome sequence and the rapid evolution of DNA sequencing technologies in recent years bring us exciting new promises for scientific discovery and its conversion into required technological breakthroughs in the production and use of soybean. In addition to be a major protein source in animal feeds, soybean is ranked number one among the chief oil crops in the world and is becoming a major crop for biodiesel production. As a leguminous crop, soybean fixes nitrogen in association with Bradyrhizobium, which significantly reduces the needs for ammonium-based fertilizer even in other crops. In this presentation, it will be described using a web-based platform, Soybean Gene Express, for analyzing and storing RNA-Seq data from whole-genome transcription profiling experiments. It will be presented firsthand how Soybean Gene Express supports researchers going from raw data to visual reports comparing the different genes within same sample or comparing gene expression across different biological samples/conditions. Also, it will be explored the power of link-based integration with other sources of biological information and databases such as ontologies, KEGG pathways, Pfam, and others, to uncover the biological meaning of these data. The ultimate goal is to facilitate the discovery of new biological insights into fundamental molecular processes as responses to biotic and abiotic stresses in soybean. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
Thesagro: |
Gene; Genoma; Soja. |
Thesaurus Nal: |
Gene expression; Soybeans. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/79694/1/ELISEU-BINNECK.docx
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Marc: |
LEADER 02100nam a2200193 a 4500 001 1943038 005 2013-03-26 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBINNECK, E. 245 $aA web-based platform for RNA-Seq data analysis and storage$ba case study on soybean gene expression experiments. 260 $aIn: INTERNATIONAL CROP SCIENCE CONGRESS, 6., 2012, Bento Gonçalves. [Proceedings...]. [S.l.]: International Crop Science Society, 2012. 1 CD-ROM.$c2012 520 $aThe availability of the soybean genome sequence and the rapid evolution of DNA sequencing technologies in recent years bring us exciting new promises for scientific discovery and its conversion into required technological breakthroughs in the production and use of soybean. In addition to be a major protein source in animal feeds, soybean is ranked number one among the chief oil crops in the world and is becoming a major crop for biodiesel production. As a leguminous crop, soybean fixes nitrogen in association with Bradyrhizobium, which significantly reduces the needs for ammonium-based fertilizer even in other crops. In this presentation, it will be described using a web-based platform, Soybean Gene Express, for analyzing and storing RNA-Seq data from whole-genome transcription profiling experiments. It will be presented firsthand how Soybean Gene Express supports researchers going from raw data to visual reports comparing the different genes within same sample or comparing gene expression across different biological samples/conditions. Also, it will be explored the power of link-based integration with other sources of biological information and databases such as ontologies, KEGG pathways, Pfam, and others, to uncover the biological meaning of these data. The ultimate goal is to facilitate the discovery of new biological insights into fundamental molecular processes as responses to biotic and abiotic stresses in soybean. 650 $aGene expression 650 $aSoybeans 650 $aGene 650 $aGenoma 650 $aSoja 653 $aBioinformática 700 1 $aNASCIMENTO, L. S. do
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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URL |
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Registros recuperados : 169 | |
8. | | VITORINO, J. C.; SILLA, P. R.; CAMARGO-BRUNETTO, M. A. de.; BINNECK, E. Abordagem computacional para a identificação de elementos cis-regulatórios no genoma da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 95-97. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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9. | | VITORINO, J. C.; SILLA, P. R.; CAMARGO-BRUNETTO, M. A. de.; BINNECK, E. Abordagem computacional para a identificação de elementos cis-regulatóriso no genoma da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 95-97. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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11. | | SOSA-GOMEZ, D. R.; CORONEL, N.; BINNECK, E.; ZUCCHI, M. I.; ROSADO-NETO, G. RAPD and mitochondrial DNA analysis of the soybean stalk weevil, Sternechus subsignatus (Coleoptera: Curculionidae. Bulletin of Entomological Research, Cambridge, v. 98, n. 5, p. 475-481, June 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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12. | | MITANI, E. A.; NASCIMENTO, L. S.; SILLA, P. R.; FARIAS, J. R. B.; BINNECK, E. Sistema Web para estimativas de perdas por seca na cultura da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 48-49. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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13. | | BUENO, P.; LAU, E. Y.; BINNECK, E.; NHANI JUNIOR, A.; SCAGLIUSI, S. M. M. RNA-Seq para análise de genes diferencialmente expressos em micrósporos de trigo. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 15.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 12., 2020, Passo Fundo. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2021. p. 48.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Soja. |
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14. | | BUENO, P.; LAU, E. Y.; BINNECK, E.; NHANI JUNIOR, A.; SCAGLIUSI, S. M. M. RNA-Seq para análise de genes diferencialmente expressos em micrósporos de trigo. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 15.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 12., 2020, Passo Fundo. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2021. p. 48.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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16. | | COSTAMILAN, L. M.; ALMEIDA, A. M. R.; YORINORI, J. T.; SEIXAS, C. D. S.; BINNECK, E. Diaporthe phaseolorum var. caulivora, primeira ocorrência deste fungo associado ao cancro da haste da soja, no Brasil. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S146, ago. 2007. Suplemento, ref. 0180. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, ago. 2007.Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Trigo. |
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19. | | SOUZA, T. D.; GODOY, S. M.; FELICIANO, D. C.; BINNECK, E.; SÓSA-GOMEZ, D. R. Genetic diversity of the entomopathogenic fungus metarhizium rileyi based on SSR. In: INTERNATIONAL CONGRESS ON INVERTEBRATE PATHOLOGY AND MICROBIAL CONTROL, 2023; ANNUAL MEETING OF THE SOCIETY FOR INVERTEBRATE PATHOLOGY, 55., 2023, Maryland. Program and abstracts... [Verona]: Society for Invertebrate Pathology, 2023. PF-4. p. 80.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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Registros recuperados : 169 | |
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